空气置换效果较差
在使用中央空调的环境中，大部分都是封闭、半封闭的空间，室内空气是循环利用的，空气的清洁度是基于空调本身的过滤和定时输送新鲜空气来保持的，相比室外空气的新鲜度是多云的。
积尘诱使细菌滋生
中央空调是在出风管道的基础上，将空气输送到室内，经过风管道是一个封闭的空间，各种室外空气悬浮颗粒不能被空气过滤装置完全切断，因此，细尘进入风管道后粘附在风管壁上，再加上大部分风道狭窄，积累时间长，就形成了大量的粉尘。由于粉尘的堆积，容易滋生各种有害微生物，如病毒、细菌、真菌、军团菌、冠状病毒等。
寄生物和昆虫的摇篮
由于风道布置多在楼顶，且风道内的温湿度四季相对适宜，常成为寄生动物和昆虫（如老鼠、蟑螂等）的活动空间。据上海报道，上海一栋大楼的中央空调管道被清理出两吨垃圾，其中包括老鼠和昆虫尸体。
滋生细菌，传染疾病
由于风道通过风口、回风口和室内相对封闭的空间，风道内的灰尘（一般肉眼看不见）和细菌会随着空调风吹到房间的各个角落，逐渐成为室内空气污染的源头；同时，一个房间内的病菌也很容易被吹到其他房间与空调循环形成交叉感染。
风阻加大、损耗能源
空气在风洞中流动时，由于液体的粘性和相对运动，所以在风洞中的内耗、空气流动过程中，要克服阻力消耗能量。
随着时间的推移和设备使用寿命的延长，其表面会附着大量的粉尘（悬浮颗粒）。这导致形成的边界层破坏，不仅破坏了流体在风道中的层流状态，而且形成了紊流现象，增加了内摩擦力，阻碍了风力，增加了风机的负荷，降低了机组的容量，降低了设备的使用寿命，增加了能耗。
